截止2014年，东京大学下设10个学部、15个研究生招生院所，在50个本科专业、96个研究生专业招生。学部分别为：法学部、医学部、工学部、文学部、理学部、农学部、经济学部、教养学部、教育学部、药学部。

东京大学综合实力稳居日本国内第一位，与排名第二位的京都大学共同构成日本科教金字塔的最尖端。东京大学所有学科门类均无明显短板，在理学、医学、文学、工学、政治学等领域拥有世界级的学术影响力，在土木、建筑学领域更是居于最尖端队列。

东京大学主校区设在东京都内文京区本乡，占地面积40公顷 ，全校绝大部分机构均在这里。另外在目黑区驹场另建一新校区，为教养学部及生产技术研究所所在地。附属学校、工同研究部门，实验实习基地（如农场、林场、地震、火山、天文等观察站）、师生员工宿舍等分布于全国各地。

赤门是日本东京大学本乡校区在本乡通侧的一个大门，原为加贺藩的御守殿门，“赤门”为御守殿门的俗称，此乃因为御守殿门皆漆为朱红色之故。依古代日本习俗，御守殿门一旦受灾损毁便不能重建，而东京大学的赤门是唯一留存下来的御守殿门，已有百年以上的历史，殊为难得，因此曾被日本政府列为国宝，现则指定为重要文物。赤门也是东京大学的代表性象征之一，被假借为东京大学的代称，也因而常被误以为是东京大学的正门，东京大学真正的正门在赤门旁边。

浅野校区：东京都文京区 4.37公顷

弥生校区：东京都文京区 11.28公顷

驹场校区：东京都目黑区 35.20公顷

白金校区：东京都港区 7.2公顷

三鹰校区：东京都三鹰市6.88公顷

检见川校区：千叶县千叶市 32.3公顷

2017  QS世界大学排名  本科  现代语言—— 第6名2017  QS世界大学排名  本科  机械工程—— 第8名2017  QS世界大学排名  本科  自然科学—— 第9名2017  QS世界大学排名  本科  解剖生理学—— 第9名2017  QS世界大学排名  本科  物理与天文学—— 第9名2017  QS世界大学排名  本科  社会政策—— 第9名2017  QS世界大学排名  本科  药学与药理学—— 第9名2017  QS世界大学排名  本科  化学—— 第10名2017  QS世界大学排名  本科  社会科学与管理—— 第10名2017  QS世界大学排名  本科  化工工程—— 第10名2017  QS世界大学排名  本科  艺术与人文—— 第11名2017  QS世界大学排名  本科  工程技术—— 第11名2017  QS世界大学排名  本科  土木工程—— 第12名2017  QS世界大学排名  本科  生物科学—— 第12名2017  QS世界大学排名  本科  农业和林业—— 第12名2017  QS世界大学排名  本科  电气与电子工程—— 第13名2017  QS世界大学排名  本科  地球和海洋科学—— 第15名2017  QS世界大学排名  本科  材料科学—— 第15名2017  QS世界大学排名  本科  政治与关系学—— 第17名2017  QS世界大学排名  本科  建筑—— 第17名2017  QS世界大学排名  本科  人类学—— 第17名2017  QS世界大学排名  本科  语言学—— 第18名2017  QS世界大学排名  本科  计算机科学与信息系统工程—— 第18名2017  QS世界大学排名  本科  数学—— 第18名2017  QS世界大学排名  本科  数学—— 第18名2017  QS世界大学排名  本科  统计与运筹学—— 第19名2017  QS世界大学排名  本科  地理—— 第19名2017  QS世界大学排名  本科  社会学—— 第22名2017  QS世界大学排名  本科  法律—— 第22名2017  QS世界大学排名  本科  生命科学与医学—— 第22名2017  QS世界大学排名  本科  发展学—— 第24名2017  QS世界大学排名  本科  环境科学—— 第25名2017  QS世界大学排名  本科  医学—— 第26名2017  QS世界大学排名  本科  通讯与媒体学—— 第26名2017  QS世界大学排名  本科  传播与媒体研究—— 第26名2017  QS世界大学排名  本科  经济与计量经济学—— 第30名2017  QS世界大学排名  本科  考古—— 第31名2017  QS世界大学排名  本科  兽医科学—— 第34名2017  QS世界大学排名  本科  英语与文学—— 第37名2017  QS世界大学排名  本科  表演艺术—— 第38名2017  QS世界大学排名  本科  会计与金融—— 第44名2017  QS世界大学排名  本科  心理学—— 第51名2017  QS世界大学排名  本科  教育培训学—— 第51名2017  QS世界大学排名  本科  护理—— 第51名2016  QS世界大学排名  本科  现代语言—— 第7名2016  QS世界大学排名  本科  化学—— 第8名2016  QS世界大学排名  本科  物理与天文学—— 第8名2016  QS世界大学排名  本科  采矿和矿物工程—— 第10名2016  QS世界大学排名  本科  工程结构学—— 第10名2016  QS世界大学排名  本科  化学工程—— 第11名

2019  QS世界大学排名—— 第23名2018  QS世界大学排名—— 第28名2018  THE世界大学排名—— 第46名2018  USNews世界大学排名—— 第57名2017  QS世界大学排名—— 第34名2017  USNews世界大学排名—— 第44名2016  USNews世界大学排名—— 第31名2016  THE世界大学排名—— 第39名2016  QS世界大学排名—— 第39名2015  世界大学学术排名—— 第21名2015  THE世界大学排名—— 第23名2015  USNews世界大学排名—— 第24名2015  QS世界大学排名—— 第31名2014  世界大学学术排名—— 第21名2014  THE世界大学排名—— 第23名2014  QS世界大学排名—— 第32名2013  世界大学学术排名—— 第21名2013  THE世界大学排名—— 第27名2013  TIMES英国大学排名—— 第27名2013  QS世界大学排名—— 第30名